lncrna功能机制研究| lncrna功能预测| lncrna功能研究整体博天堂备用的解决方案| 长链非编码rna（mirna、lncrna、trfs）研究方案价格-博天堂备用
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lncrna功能机制研究
提供商：
武汉金开瑞生物工程有限公司
非编码rna（non-coding rna）是指不编码蛋白质的rna。其中包括rrna、trna、snrna、snorna 、microrna 和lncrna等多种已知功能的 rna，还包括未知功能的rna。
长链非编码rna（long noncoding rna，lncrna）是一类长度＞200bp的rna，由rna聚合酶ⅱ转录，lncrna具有保守的二级结构,大部分不编码蛋白质。lncrna发挥功能的方式很广，可以与蛋白、dna和rna相互作用，参与多种生物学过程的调控。主要包括基因组表观遗传修饰、调控转录后翻译、发挥cerna、增强子rna作用等，从而对细胞的增殖、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用。
金开瑞提供的非编码rna服务：mirna、lncrna、trfs
研究方案（以lncrna为例）
1、采用二代测序或芯片技术找出不同组样本差异表达的lncrna
2、lncrna/mirna筛选验证
采用rt-pcr或者qrt-pcr检测lncrna/mirna在不同组织和细胞中的表达水平。
3、细胞系鉴定
采用对肝癌细胞（如hepg2、hep3b、huh7）str位点和amelogenin位点的基因分型技术，进行细胞鉴定。
4、 lncrna功能及下游靶标分子研究
1）构建lncrna/mirna的过表达（基因敲除）稳转癌细胞株；
5、 蛋白质组学寻找调控的下游靶标分子
应用蛋白质组学itraq（silac,swath）定量方法和生物信息学找到lncrna/mirna调控的靶标。
6、采用fish技术研究lncrna在细胞中定位分布
7、 lncrna作用机制研究
7.1、采用体外转录技术，rna pull down, lc- ms等技术手段检测与rna互作的蛋白质。
7.3.1 生物信息学预测分析
7.3.2 双荧光素酶和rip验证
8、 动物实验
参考文献：
1、budhu a, forgues m, ye qh, et al. prediction of venous metastases, recurrence, and prognosis in hepatocellular carcinoma based on a unique immune response signature of the liver microenvironment. cancer cell. 2006 aug;10(2):99-111.
2、fidler ij. the pathogenesis of cancer metastasis: the 'seed and soil' hypothesis revisited. nat rev cancer. 2003 jun;3(6):453-8.
3、ocaña oh, córcoles r, fabra a, et al. metastatic colonization requires the repression of the epithelial-mesenchymal transition inducer prrx1. cancer cell. 2012 dec 11;22(6):709-24.
4、massagué j. tgfbeta in cancer. cell. 2008 jul 25;134(2):215-30.
5、faghihi ma, modarresi f, khalil am, et al. expression of a noncoding rna is elevated in alzheimer's disease and drives rapid feed-forward regulation of beta-secretase. nat med. 2008 jul;14(7):723-30.
长链非编码rna（long noncoding rna，lncrna）是一类长度＞200bp的rna，由rna聚合酶ⅱ转录，lncrna具有保守的二级结构,大部分不编码蛋白质。lncrna发挥功能的方式很广，可以与蛋白、dna和rna相互作用，参与多种生物学过程的调控。主要包括基因组表观遗传修饰、调控转录后翻译、发挥cerna、增强子rna作用等，从而对细胞的增殖、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用。
金开瑞提供的非编码rna服务：mirna、lncrna、trfs
研究方案（以lncrna为例）
1、采用二代测序或芯片技术找出不同组样本差异表达的lncrna
图1. lncrna 差异表达聚类结果及差异表达火山图
2、lncrna/mirna筛选验证
采用rt-pcr或者qrt-pcr检测lncrna/mirna在不同组织和细胞中的表达水平。
图2. pvt1和 mirna在宫颈癌组织中的表达
(iden, m.et al.the lncrna pvt1 contributes to the cervical cancer phenotype and associates with poor patient prognosis.plos one.2016.may 27;11(5))
3、细胞系鉴定
采用对肝癌细胞（如hepg2、hep3b、huh7）str位点和amelogenin位点的基因分型技术，进行细胞鉴定。
4、 lncrna功能及下游靶标分子研究
1）构建lncrna/mirna的过表达（基因敲除）稳转癌细胞株；
图3. 基因过表达/敲除后单克隆细胞株的筛选
图4. crispr/cas9和慢病毒稳定细胞系
2）mtt/cck8法测定细胞生长活力；
图5. 转染tp53tg1 减少了细胞的活力
（diaz-lagares a, et al.epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding rna tp53 target 1 in human cancer. proc natl acad sci u s a. 2016 nov 22;113(47):e7535-e7544.）
3）流式细胞检测细胞凋亡；
图6. hct-116 cells 稳定转染tp53tg1 24小时后检测细胞的凋亡率
（diaz-lagares a, et al.epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding rna tp53 target 1 in human cancer. proc natl acad sci u s a. 2016 nov 22;113(47):e7535-e7544.）
4）软琼脂克隆形成实验；
图7. tp53tg1 抑制了hct-116细胞的克隆形成
（diaz-lagares a, et al.epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding rna tp53 target 1 in human cancer. proc natl acad sci u s a. 2016 nov 22;113(47):e7535-e7544.）
5）细胞划痕实验；
图8. 伤痕愈合实验检测 vim 敲低和过表达对细胞侵袭力的影响
（peng zheng,quantitative proteomics analysis reveals novel insights into mechanisms of action of long non-coding rna hotair in hela cells.mcp. 2015.）
6）细胞体外matrigel侵袭实验；
（peng zheng,quantitative proteomics analysis reveals novel insights into mechanisms of action of long non-coding rna hotair in hela cells.mcp. 2015.）
图9. 与sicont细胞相比，sipvt1细胞侵袭力明显降低.
(iden, m.et al.the lncrna pvt1 contributes to the cervical cancer phenotype and associates with poor patient prognosis.plos one.2016.may 27;11(5))
7）western blot检测肿瘤相关蛋白表达。
(iden, m.et al.the lncrna pvt1 contributes to the cervical cancer phenotype and associates with poor patient prognosis.plos one.2016.may 27;11(5))
图10. 用不同浓度的ew-7197 (0.25, 0.5, 1.25 and 2.5 μm) 处理a549-cug2 and beas-cug2 细胞24 h。免疫印迹检测 cug2, e-cadherin, n-cadherin, and vimentin 的表达
（kaowinn s, kim j, lee j, shin dh, et, al. cancer upregulated gene 2 induces epithelial-mesenchymal transition of human lung cancer cells via tgf-β signaling. oncotarget. 2016 dec 10. ）
（kaowinn s, kim j, lee j, shin dh, et, al. cancer upregulated gene 2 induces epithelial-mesenchymal transition of human lung cancer cells via tgf-β signaling. oncotarget. 2016 dec 10. ）
5、 蛋白质组学寻找调控的下游靶标分子
应用蛋白质组学itraq（silac,swath）定量方法和生物信息学找到lncrna/mirna调控的靶标。
6、采用fish技术研究lncrna在细胞中定位分布
7、 lncrna作用机制研究
7.1、采用体外转录技术，rna pull down, lc- ms等技术手段检测与rna互作的蛋白质。
图13. rna pull down后质谱鉴定、wb检测
7.2 rip验证与蛋白质结合的lncrna或者lncrna与mirna的互作
图14. ap-1蛋白与rna的相互作用rip
图15. ms2- rip实验原理图（表达lnc-a的质粒富集mirna1mirna2的效率比不表达lnc-a的ms2组明显提高。通过对照，说明ms2-a可以与mirna1和mirna2相互结合）
7.3 双荧光素酶基因检测mirna和lncrna/mrna的互作情况7.3.1 生物信息学预测分析
7.3.2 双荧光素酶和rip验证
图17. 双荧光素酶和rip验证lncrna可以与mir-26a结合
（c cao, zhang t, zhang d, et al.the long non-coding rna, snhg6-003, functions as a competing endogenous rna to promote the progression of hepatocellular carcinoma. oncogene. 2017 feb 23;36(8):1112-1122. ）
（c cao, zhang t, zhang d, et al.the long non-coding rna, snhg6-003, functions as a competing endogenous rna to promote the progression of hepatocellular carcinoma. oncogene. 2017 feb 23;36(8):1112-1122. ）
8、 动物实验
参考文献：
1、budhu a, forgues m, ye qh, et al. prediction of venous metastases, recurrence, and prognosis in hepatocellular carcinoma based on a unique immune response signature of the liver microenvironment. cancer cell. 2006 aug;10(2):99-111.
2、fidler ij. the pathogenesis of cancer metastasis: the 'seed and soil' hypothesis revisited. nat rev cancer. 2003 jun;3(6):453-8.
3、ocaña oh, córcoles r, fabra a, et al. metastatic colonization requires the repression of the epithelial-mesenchymal transition inducer prrx1. cancer cell. 2012 dec 11;22(6):709-24.
4、massagué j. tgfbeta in cancer. cell. 2008 jul 25;134(2):215-30.
5、faghihi ma, modarresi f, khalil am, et al. expression of a noncoding rna is elevated in alzheimer's disease and drives rapid feed-forward regulation of beta-secretase. nat med. 2008 jul;14(7):723-30.
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