单细胞atac测序价格-博天堂备用
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提供商:
武汉康测科技有限公司
服务名称:
单细胞atac测序
一、产品简介
10x genomics的chromium controller是基于微流控技术的单细胞文库制备系统,可以同时获 得3000-80000以上的单细胞,制备文库和illumina平台兼容,通过测序实现对高通量单细胞数据 进行细胞群体的分类以及细胞群体间基因表达的差异分析。10x genomics单细胞表达分析可应用 的细胞类型众多,如肿瘤细胞、免疫细胞、干细胞、神经细胞、生殖细胞、胚胎细胞等。是研究肿瘤异质性,免疫细胞群体和胚胎发育的优秀方法。
二、实验流程
文库制备流程图示
10x genomics的chromium controller是基于微流控技术的单细胞文库制备系统,可以同时获 得3000-80000以上的单细胞,制备文库和illumina平台兼容,通过测序实现对高通量单细胞数据 进行细胞群体的分类以及细胞群体间基因表达的差异分析。10x genomics单细胞表达分析可应用 的细胞类型众多,如肿瘤细胞、免疫细胞、干细胞、神经细胞、生殖细胞、胚胎细胞等。是研究肿瘤异质性,免疫细胞群体和胚胎发育的优秀方法。
二、实验流程
(一)文库制备
10x scatac-seq基于gemcode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使dna片段化,并在dna片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(barcode)的凝胶珠(gelbeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成gems;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放dna片段,并在片段末端加上标签;gems破裂后,回收带有标签的dna,构建文库;最后,利用illumina测序平台对文库进行高通量测序。
文库制备流程图示
(二)分析流程
三、单细胞atac测序性能分析
四、部分结果展示
1.单细胞分辨率下的表观基因组研究
2.低线粒体reads数(例如,gm12878细胞<2%)
3.每个通道可捕获500-10000个核(每个芯片8个通道)
4.65%的核捕获率
5.细胞系、原代细胞、新鲜和冷冻保存的样品均兼容
6.每个细胞的染色质开放状态分析和可视化分析
四、部分结果展示
a:cell ranger 数据统计
b: 插入片段长度 c: reads 在tss上下游的分布
d: 细胞聚类分析 e: 指定基因reads分布图 f: tf_motif富集聚类热图 g: tf和基因互作网络图
b: 插入片段长度 c: reads 在tss上下游的分布
d: 细胞聚类分析 e: 指定基因reads分布图 f: tf_motif富集聚类热图 g: tf和基因互作网络图
联系人:张经理
地址:武汉
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