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单细胞atac测序

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提供商:
武汉康测科技有限公司
服务名称:
单细胞atac测序
一、产品简介
10x genomics的chromium controller是基于微流控技术的单细胞文库制备系统,可以同时获 得3000-80000以上的单细胞,制备文库和illumina平台兼容,通过测序实现对高通量单细胞数据 进行细胞群体的分类以及细胞群体间基因表达的差异分析。10x genomics单细胞表达分析可应用 的细胞类型众多,如肿瘤细胞、免疫细胞、干细胞、神经细胞、生殖细胞、胚胎细胞等。是研究肿瘤异质性,免疫细胞群体和胚胎发育的优秀方法。

二、实验流程
 

(一)文库制备

10x scatac-seq基于gemcode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使dna片段化,并在dna片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(barcode)的凝胶珠(gelbeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成gems;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放dna片段,并在片段末端加上标签;gems破裂后,回收带有标签的dna,构建文库;最后,利用illumina测序平台对文库进行高通量测序。


文库制备流程图示
 
(二)分析流程
三、单细胞atac测序性能分析

 1.单细胞分辨率下的表观基因组研究                

2.低线粒体reads数(例如,gm12878细胞<2%)                

3.每个通道可捕获500-10000个核(每个芯片8个通道)                

4.65%的核捕获率              

5.细胞系、原代细胞、新鲜和冷冻保存的样品均兼容          

6.每个细胞的染色质开放状态分析和可视化分析




四、部分结果展示
a:cell ranger  数据统计

b: 插入片段长度                                                               c: reads 在tss上下游的分布  



d: 细胞聚类分析                e: 指定基因reads分布图       f: tf_motif富集聚类热图     g: tf和基因互作网络图












 

联系人:张经理

地址:武汉

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