visium空间基因表达博天堂备用的解决方案价格-博天堂备用

细胞在组织样本中相对的位置关系对于理解疾病病理学至关重要。visium空间基因表达博天堂备用的解决方案不仅可以检测带有空间分辨的全转录组表达，同时还可以捕获相同组织切片中的组织学信息，并且可以将基因表达谱映射回组织原始的位置。该博天堂备用的解决方案为癌症，免疫生 理学，神经科学，发育生物学等领域的研究提供组织和基因表达复杂性的新视角。
 

visium空间基因表达博天堂备用的解决方案主要原理

用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域(6.5x6.5mm)，每个捕获区域含有5000个被条形码标记的点(barcoded spots)， 直径为55 μm，(两点之间中心的距离为100 μm)，每个点都有一个独特的条形码序列。当rna从组织切片的细胞中释放出来后，迁 移到每个点的rna会被标记上相应的条形码序列，然后进行文库构建并进行测序。接下来，根据数据的条形码信息对数据进行分配， 以确定哪些数据来自哪个位置。最终实现空间基因表达的可视化。
 

visium空间基因表达博天堂备用的解决方案工作流程

visium空间基因表达博天堂备用的解决方案研究领域

visium空间基因表达博天堂备用的解决方案技术优势

• 将空间分辨的全转录组分析与形态学背景相结合，补充单细胞基因表达在空间信息上的空白
• 通过绘制所有基因活动发生的位置，获得疾病复杂性的完整视图
• 通过无偏分析发现新的目标

visium空间基因表达博天堂备用的解决方案结果展示

a.对小鼠大脑切片进行h&e染色，成像，然后通过10x genomics公司visium空间基因表达博天堂备用的解决方案工作流程进行处理;b.展示了含有 umi计数的数据与组织空间位置的图像叠加;c.总基因计数;d.基于总差异表达基因的空间naïve聚类(spatially naïve clustering)。 最右边显示了相比于其他细胞簇，在细胞簇4(绿色)中高表达的基因。

 

a.h&e染色小鼠冠状脑组织切片;基因 selenow(b)和基因 tmsb4x(c)的空间mrna表达为大脑中已知的表达模式，主要在海马体 中表达。图中结果显示了这两个基因在海马体中有显著表达，并且与已知的表达模式一致(注意:点大小不是按比例缩放)。

图 小鼠脑组织3d 基因表达图谱展示

10x genomics内部做的小鼠脑组织的分子图谱，共做了3只动物，75个区域，3万多个spot点，整合成小鼠脑组织的3d转录组表达， 可以直观的看出在脑组织的哪些区域有哪些细胞类型和基因表达。

visium空间基因表达博天堂备用的解决方案服务内容

• 样本前处理：冰冻，包埋，切片
• 样本质检；rin值检测，完整性检测
• 空间转录组制备：空间转录组通透时间优化；dmi8扫片成像；正式空间转录组rna捕获，构建文库
• 文库质检： 文库片段大小、浓度检测
• 测序分析：根据客户的需求确定测序数据量及定制分析内容

案例解析

本文的研究对象是皮肤鳞状细胞癌（cscc），结合单细胞转录组测序、空间转录组及多路复用离子束成像技术（mibi）技术，研究了人cscc和配对的正常皮肤。发现cscc有四个肿瘤细胞亚群，三个涵盖正常表皮状态的亚群，一个定位于纤维血管微环境的肿瘤特异性角质形成细胞亚群（tsk）。将单细胞和空间数据映射的配体-受体网络与特定细胞类型整合，揭示tsk是细胞间通讯的枢纽。观察到免疫抑制的多种特征，包括t调节细胞（treg）与cd8 t细胞共定位于分隔的肿瘤基质中。最后，人类肿瘤异种移植物的单细胞表征和体内crispr筛选鉴定了肿瘤发生中起关键作用的特定肿瘤亚群富集基因网络。本研究分析了cscc肿瘤和基质细胞亚群，它们相互作用的空间微环境，以及它们参与的癌症通讯基因网络。


 

空间基因表达技术：
采用异戊-烷/干冰对发育4.5-5，6.5，9周心脏组织进行冷冻，冷冻组织包埋在oct中，分别切取4，6，9张，厚度为5 um组织切片贴在玻片上，而后组织切片进行苏木-精和伊-红染色（he染色），以及明场显微镜成像，展现组织形态学。
随后，作者对组织透化时间进行优化，发现4.5-5，6.5，9周心脏组织最-优的透化时间分别是9，12，13min。根据最-优的透化时间，分别对组织进行透化，使组织释放出的mrna分子与玻片上偶联的探针结合，而后进行反转录，cdna的合成以及文库构建，拿到符合illumina测序的空间转录组文库。

10x genomics 单细胞技术：
取6.5 pcw心脏组织消解成单细胞，重悬在hbss 0.04%bsa中，采用10x chromium平台，sc rna-seq v2试剂对细胞进行标记，构建符合illumina测序的二代文库结构。每个细胞约测了77000 reads。

主要结果

本文作者采用空间转录组学对三个发育阶段的心脏组织进行研究。共获得了3115个spot的数据，过滤后每个spot检测到约1700个 基因和3800个unique转录本(该数据每个spot约检测到30个细胞)。随后，对获得的三个发育阶段转录组数据进行降维分析， 拿到基于基因表达的tsne图谱，将基因表达图谱与he染色结果map在一起，获得了心脏不同发育阶段具有空间位置的基因表达 谱(如图所示)

图 心脏三个发育时期，空间基因表达图谱
 

接着，作者对中期发育6.5周的心脏组织，进一步采用10x genomics单细胞技术进行研究，获得了3717个单细胞转录谱，过滤后 每个细胞获得2900个基因和11000个unique转录本。对获得的数据进行降维分析，根据marker基因，共鉴定出15个细胞群(如 下图b所示)。在这15个细胞群中，有已知的心脏细胞类型，如心肌细胞，成纤维细胞，平滑肌和内皮细胞。此外，还检测了三 种类型的心肌细胞，心脏神经嵴细胞，雪旺祖细胞，心外膜细胞。两种类型的内皮细胞，四种类型的成纤维细胞样细胞。同时， 发现某些细胞簇只在心脏部位i中能够检测到(如下图展示的部位i)。这表明心脏上部组织细胞具有较高的多样性。

图 发育6.5周人类胚胎心脏单细胞分析