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空间转录组测序服务

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提供商:
上海烈冰生物医药科技有限公司
服务名称:
空间转录组测序
空间转录组是指保留组织内部精细区域的空间信息的转录组测序。一次实验即可得到全部基因表达,并比对至相应的 h&e 染色图像,达到图像化和数字化的高度整合分析。
 
空间转录组学分析可展示组织切片中不同区域的基因表达情况,揭示精细病理区域中激活的信号通路,完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组以分子方式定义病理,完成了病理数字化结合病理影像化的革新,将在未来的精准医疗、免疫治疗研究中发挥重要作用。
 
—— 空间转录组测序能干什么?——

病理学研究,探究细胞分化发育过程
揭示肿瘤微环境及异质性
研究免疫浸润,免疫扩散和免疫细胞空间位置解析
神经科学领域揭示大脑皮层结构
解析不同发育阶段基因表达特征阴性 / 假阳性的位置
 
—— 技术原理 ——
当组织冷冻切片附在带有 spatial barcode 的空间转录组芯片上时,通过透化处理,细胞内的 mrna 释放出来,从而被芯片上上百万个带有oligo-dt 的探针捕获,每个探针上都带有独特的 spatial barcodes,用以标记捕获的 mrna 的空间位置,可以将每个 mrna转录的序列映射回组织切片中的原始位置。




—— 技术优势 ——

保留组织形态结构,获得基因在空间上的分布信息
结合he染色,获得不同组织形态结构下的细胞组成信息
结合单细胞数据,获得细胞在空间上的分布信息
一次实验即可得到全部基因表达
样本直接冰冻切片,避免消化过程带来的细胞类型/基因表达的偏差

 

—— 烈冰服务方案 ——

实验平台

率先拥有先进的冷冻切片机leica cm1950,3dhistech公司的pannoramic系列的数字切片扫描仪,搭配经验丰富的实验团队,对多种组织类型的切片厚度与切片温度进行测试优化,同时实现明场与荧光场下冷冻切片的快速扫描成像;z-stack多层聚焦扫描及extended focus 景深扩展多层融合扫描模式,进一步提升分辨率和清晰度,保证切片高分辨的数字图像信息精准采集。


实验流程

样本要求
样本类型:新鲜组织直接 oct 包埋后干冰速冻,注意标明样本方向,样本于-80℃保存。
质量要求:样本大小尽量<6.5mm×6.5mmrin值>7,若样本充足,可份及以上用作备份。
 

数据分析流程
针对每个样本的空间转录组测序数据,对所有检测到的细胞进行分群,并鉴定细胞的类型,可以在不同分组间从细胞类型的组成和丰度角度进行比较。

结果示例
 





 

烈冰生物具备全套空间转录组实验平台,为您提供完整的全服务流程,涉及各种类型样本制备、完善的实验质控流程、个性化的数据分析。


 

联系人:烈小冰

地址:上海

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